Indonesia adalah rumah bagi populasi Muslim terbesar dan paling dinamis di dunia. Kekuatan utama IRS-Yogya adalah mempelajari agama-agama Indonesia, khususnya Islam. IRS-Yogya memiliki sumber daya yang kuat untuk mempelajari agama Kristen Indonesia dan dapat memfasilitasi penelitian tentang Hindu Bali, Budha Indonesia, agama Tionghoa Indonesia, dan agama lokal asli. IRS-Yogya mendorong studi banding dengan gerakan keagamaan di belahan dunia lain.
Program ini dilakukan dalam bahasa Inggris dan termasuk satu semester di universitas asing terkemuka. Mahasiswa non-Indonesia dapat memilih untuk menghabiskan semester dalam program bahasa dan budaya Indonesia yang intensif. IRS-Yogya menerima mahasiswa dari semua agama dan kebangsaan. Dengan kombinasi sumber daya manusia dan tekstualnya, IRS-Yogya memiliki komitmen yang sama untuk dialog antaragama dan mempromosikan perdamaian di Indonesia dan dunia. Mahasiswa dapat mengambil mata kuliah pilihan yang ditawarkan oleh program studi lain di lingkungan Universitas Gadjah Mada (UGM), State Islamic University (UIN) Sunan Kalijaga, dan Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW).